Apresentação
Este curso oferece capacitação prática no uso do CLC Genomics Workbench (CLC Gx), software da QIAGEN para análise de dados de sequenciamento de nova geração (NGS), com foco na análise de dados de single-cell RNA sequencing (scRNA-seq). O treinamento aborda as principais etapas de um fluxo de trabalho para análise de transcriptômica de célula única, desde o processamento dos dados até a exploração e interpretação dos resultados biológicos. O curso será realizado em formato presencial para participantes do estado do Rio de Janeiro. A participação remota será permitida exclusivamente para profissionais de unidades da Fiocruz localizadas fora do estado do Rio de Janeiro.
A programação está organizada em dois dias:
1º dia (remoto – assíncrono): atividades hands-on guiadas por tutoriais em vídeo e materiais de apoio, voltadas à introdução dos conceitos fundamentais de transcriptômica de célula única, aos princípios da análise de dados de scRNA-seq e à familiarização com o ambiente do CLC Genomics Workbench.
2º dia (presencial ou remoto, conforme elegibilidade): atividades práticas (hands-on) conduzidas por especialista da QIAGEN, incluindo: Importação e organização de dados de scRNA-seq; Controle de qualidade de células e genes; Normalização e redução de dimensionalidade; Agrupamento (clustering) e visualização de populações celulares; Identificação de genes diferencialmente expressos; Anotação e caracterização de tipos celulares; Interpretação biológica dos resultados; Sessão de consultoria para discussão de dúvidas e aplicação dos fluxos de trabalho a projetos dos participantes.
O curso é destinado a pesquisadores, profissionais, técnicos e estudantes da área de genômica, transcriptômica e bioinformática que desejam adquirir competências práticas na análise de dados de single-cell RNA-seq utilizando uma plataforma integrada, intuitiva e amplamente empregada em pesquisas biomédicas e biotecnológicas.
Modalidade: Híbrido/Semipresencial
Carga Horária: 15 horas
Detalhamento da carga horária: 9h remotas e 6h presenciais.
Público-alvo: Pesquisadores, docentes, técnicos, estudantes de pós-graduação e demais profissionais que atuam ou pretendem atuar na análise de dados de transcriptômica de célula única, utilizando ferramentas de bioinformática para processamento, visualização e interpretação de dados de single-cell RNA-seq. O curso destina-se a usuários interessados em aplicar o CLC Genomics Workbench em projetos de pesquisa, independentemente de experiência prévia com a plataforma, sendo recomendável conhecimento básico em biologia molecular e sequenciamento de nova geração (NGS).
Processo Seletivo: Ordem de Inscrição + Pré-requisito
Pré-requisito:
Cada participante deverá trazer seu próprio computador/laptop com as seguintes configurações mínimas recomendadas para uso do software CLC Genomics:
Sistema operacional (64 bits):
- Windows: Windows 10, Windows 11, Windows Server 2016, 2019 ou 2022
- Mac: macOS 13, 14 ou 15
- Linux: RHEL 8+, SUSE Linux Enterprise Server 12.5+ (outros sistemas Linux recentes podem funcionar, mas não são garantidos).
Para uso de funcionalidades BLAST, é necessário ter a biblioteca libnsl.so.1
Memória RAM:
- Mínimo: 8 GB
- Recomendado: 16 GB
Tela:
- Resolução mínima: 1024 x 768
- Recomendado: 1600 x 1200
Além disso para o adequado aproveitamento do curso, recomenda-se que o participante: Atue ou tenha interesse em pesquisas envolvendo transcriptômica de célula única (single-cell RNA-seq) e possua conhecimentos básicos de biologia molecular, expressão gênica e sequenciamento de nova geração (NGS).
Local de Realização do Curso:
Sala 1-101 do Pavilhão Luiz Fernando Ferreira (CPIV) - Fiocruz Campus Maré
Ambiente Virtual de Aprendizagem (AVA) - Campus Virtual Fiocruz