Ementa do Curso
Objetivo Geral:
Fornecer aos alunos uma introdução teórica e prática à computação em alto desempenho (HPC), com ênfase em suas aplicações na bioinformática, cobrindo arquiteturas de hardware, estrutura de diretórios, acesso a servidores remotos, segurança da informação e uso de gerenciadores de processos, programas e repositórios de pipelines.Objetivos Educacionais/Aprendizagem:
Ao final da disciplina, espera-se que o aluno seja capaz de: enviar dados do seu computador local para um computador remoto; navegar em um ambiente HPC; processar suas análises com workflows específicos (p.ex. NF-Core) ou programas individuais; e recuperar os resultados para seu computador local.
Metodologia:
A disciplina será ministrada por meio de aulas teóricas introdutórias e aulas práticas, usando o sistema de computação de alto desempenho da Plataforma de Bioinformática VPPCB, Fiocruz. Os alunos realizarão as tarefas práticas de forma individual.
Justificativa:
A crescente geração de dados biológicos em larga escala torna essencial que alunos de pós-graduação dominem ferramentas de computação de alto desempenho para processar e analisar dados de bioinformática de forma eficiente, segura e reprodutível.
Avaliação:
A avaliação será baseada na resolução das tarefas práticas realizadas durante a disciplina.
Pré-Requisitos: É recomendável que cada aluno traga seu próprio laptop.
Estrutura:
1. Fundamentos de Computação: introdução aos sistemas de computação, arquitetura de computadores, lógica de sistemas, sistemas operacionais e gerenciamento de recursos.
2. Segurança da informação: permissões de arquivos, usuário, grupos e superusuário, autenticação em dois fatores, regras de conexão, rede privada virtual (VPN).
3. BASH e SLURM: introdução à programação, estruturas de dados e algoritmos, módulos de sistemas, submissão de processos via SLURM.
4. NF-Core: scripts, programas, pipelines e orquestradores de workflows.