Programação

Transcriptômica e bioinformática de células individuais aplicadas ao estudo de doenças transmissíveis e não transmissíveis

Single cell transcriptomics and bioinformatics applied to communicable and non-communicable diseases

Horário: Segunda a sexta, de 13 a 23 de março de 2023.
09h00 às 12h30 e 14h às 17h30.
 
Carga horária: 54 horas diretas.
 
Idiomas: Português, Espanhol e Inglês.
 
Avaliação:
Participação na discussão de quatro artigos científicos.
Participação em atividades de controle de conhecimento online.
 
Professores confirmados:

- Adolfo Rojas Hidalgo, LatinCells & Universidad de Chile (Chile).
- Carlos Biagi Jr, Harvard University (Estados Unidos).
- Domenica Marchese, Centro de Regulación Genómica - CRG (Espanha).
- Enrique Sapena-Ventura, European Institute of Bioinformatics - EMBL-EBI (Reino Unido).
- Erick Armingol, University of California, San Diego (Estados Unidos).
- Ignacio Wichmann, Pontificia Universidad Católica de Chile (Chile) & Stanford University (Estados Unidos).
- Marcel Ribeiro-Dantas, Seqera Labs (Brasil & Espanha).
- Mariana Boroni, Instituto Nacional do Câncer (Brasil).
- Patricia Severino, Hospital Israelita Albert Einstein (Brasil).
- Raúl Arias-Carrasco, Universidad Tecnológica Metropolicana - UTEM (Chile).
- Tiago Lubiana, Universidade de São Paulo (Brasil).
- Vinicius Maracaja-Coutinho, LatinCells & Universidad de Chile (Chile).

Programa:

Dia 1 - 13/03/2023 - Segunda-feira
09h00-10h30 - Introdução ao curso; Transcriptômica de células individuais e a iniciativa Human Cell Atlas no Mundo e na na América Latina. Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.
10h30-11h00 - Coffee Break
11h00-12h30 - Projetando ensaios imparciais e inclusivos em medicina genômica. Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.
 
14h00-15h30 - Metodologias experimentais para o isolamento e sequenciamento de células individuais. Dra. Domenica Marchese.
15h30-16h00 - Coffee Break
16h00-17h30 - As Bionetworks da iniciativa Human Cell Atlas.  A Definir.
 
Dia 2 - 14/03/2023 - Terça-feira
09h00-10h30 - Introdução às bases de dados públicas para genômica e transcriptômica de células individuais. Dr. Enrique Sapena Ventura.
10h30-11h00 - Coffee Break
11h00-12h30 - Ontologias de células e a classificação das células humanas. MSc. Tiago Lubiana.
 
14h00-15h30 - Aula Prática: Explorando bases de dados públicas importantes para estudos de células individuais. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, MSc. Tiago Lubiana, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.
15h30-16h00 - Coffee Break
16h00-17h30 - Discussão de artigo científico relacionado com análises de células individuais de câncer. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, MSc. Tiago Lubiana, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.

Dia 3 - 15/03/2023 - Quarta-feira
09h00-10h30 - Mapeamento de leituras, quantificação de transcritos, controle de qualidade e correções de erros associados a dados de sequenciamento de células individuais. Dr. Carlos Biagi Jr.
10h30-11h00 - Coffee Break
11h00-12h30 - Normalização, redução de dimensionalidade e clusterização de dados de células individuais. Dr. Carlos Biagi Jr.
 
14h00-15h30 - Aula Prática: Introdução ao ambiente de trabalho computacional e atividade prática referente aos conteúdos vistos pela manhã. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.
15h30-16h00 - Coffee Break
16h00-17h30 - Aula Prática: Atividade prática referente aos conteúdos vistos pela manhã. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.

Dia 4 - 16/03/2023 - Quinta-feira
09h00-10h30 - Identificação de genes marcadores e definição de ontologias celulares. A Definir.
10h30-11h00 - Coffee Break
11h00-12h30 - Discussão de artigo científico relacionado com análises de células individuais de pacientes infectados com COVID-19. (https://www.nature.com/articles/s41591-020-0901-9). MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.
 
14h00-15h30 - Aula Prática: Atividade prática referente aos conteúdos vistos pela manhã. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.
15h30-16h00 - Coffee Break
16h00-17h30 - Aula Prática: Atividade prática referente aos conteúdos vistos pela manhã. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.

Dia 5 - 17/03/2023 - Sexta-feira
09h00-10h30 - Reconstruindo trajetórias e linhagens ramificadas em genômica unicelular: pseudo-tempo, trajetórias gênicas e velocidade de RNAs. Dra. Mariana Boroni.
10h30-11h00 - Coffee Break
11h00-12h30 - Análises de expressão diferencial em transcriptômica de células individuais. A Definir.
 
14h00-15h30 - Aula Prática: Atividade prática referente aos conteúdos vistos pela manhã. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.
15h30-16h00 - Coffee Break
16h00-17h30 - Aula Prática: Atividade prática referente aos conteúdos vistos pela manhã. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.

Dia 6 - 20/03/2023 - Segunda-feira
09h00-10h30 - Ferramentas e bases de dados para decifrar a comunicação célula-célula. Erick Armingol.
10h30-11h00 - Coffee Break
11h00-12h30 - Discussão de artigo científico relacionado com análises de células individuais de doenças cardiovasculares: integrando scRNA-seq com transcriptômica espacial. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.
 
14h00-15h30 - Aula Prática: Atividade prática referente aos conteúdos vistos pela manhã. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.
15h30-16h00 - Coffee Break
16h00-17h30 - Aula Prática: Atividade prática referente aos conteúdos vistos pela manhã. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.

Dia 7 - 21/03/2023 - Terça-feira
09h00-10h30 - Introdução à transcriptômica espacial para pesquisa biomédica. Dra. Patricia Severino
10h30-11h00 - Coffee Break
11h00-12h30 - Integrando a transcriptômica tradicional com a unicelular espacial para caracterizar a progressão do câncer de cólon. Dr. Ignacio Wichmann.
 
14h00-15h30 - Aula Prática: Atividade prática referente aos conteúdos vistos pela manhã. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.
15h30-16h00 - Coffee Break
16h00-17h30 - Aula Prática: Atividade prática referente aos conteúdos vistos pela manhã. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.

Dia 8 - 22/03/2023 - Quarta-feira
09h00-10h30 - Estudando modificações de histonas e fatores de transcrição em células individuais. A Definir.
10h30-11h00 - Coffee Break
11h00-12h30 - Introdução a análise de dados de ATAC-seq. A Definir.
 
14h00-15h30 - Aula Prática: Atividade prática referente aos conteúdos vistos pela manhã. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.
15h30-16h00 - Coffee Break
16h00-17h30 - Aula Prática: Atividade prática referente aos conteúdos vistos pela manhã. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.

Dia 9 - 23/03/2023 - Quinta-feira
09h00-10h30 - Utilizando Nextflow para automatizar e paralelizar pipelines de análises de células individuais escaláveis e reproduzíveis. Dr. Marcel Ribeiro-Dantas.
10h30-11h00 - Coffee Break
11h00-12h30 - Analisando dados de RNA
-seq de células individuais usando Galaxy: uma alternativa para pessoas com pouca ou nenhuma experiência em análise de dados. A Definir.
 
14h00-15h30 - Atlas de expressão gênica do corpo inteiro de um metazoário adulto. Erick Armingol.
15h30-16h00 - Coffee Break
16h00-17h30 - Discussão de artigo científico relacionado com análises de células individuais de um organismo completo. MSc Adolfo Rojas-Hidalgo, Erick Armingol, Dr. Raúl Arias-Carrasco, Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho.
 
17h30-18h00 - Divulgação de notas, finalização e discussão sobre o curso.